Футболен клуб ЦСКА е основан на 5 май 1948г., когато се обединяват отборите на "Чавдар" и "Септември" (София) и в резултат на това се ражда: "Септември при ЦДВ". Същата година печели и първата си титла на България. През 1950г. името на клуба е сменено на "Народна войска", като тимът за втора поредна година завършва втори, а през 1951г. се нарича ЦДНВ и отново триумфира с шампионската титла.

Следва поредното прекръстване на отбора, този път през 1953г. - "Отбор на софийския гарнизон", а по-голямата част от титулярните му футболисти са прехвърлени в един „национален отбор“, който се обиграва във вътрешното първенство за международните срещи. През 1954 г. новото име на отбора е „Централен дом на народната армия“ (ЦДНА), а периодът 1954-1962 г. е най-успешният, през който армейският отбор печели 9 поредни титли.

През 1962 г. ЦДНА е обединен с ДСО „Червено знаме“ в ЦСКА „Червено знаме“. Централният дом на народната армия вече не е свързан с отбора, който бива поет от Министерство на народната отбрана.[5] ЦСКА остава на 3-о място след пловдивските „Спартак“ и „Ботев“. През сезона 1966/67 г. ЦСКА достига до полуфинал на КЕШ, където след две равенства с „Интер“ с по 1:1 се играе трета среща (по тогавашния регламент), в която ЦСКА отстъпва с 1:0.

През 1968 г. ЦСКА отново е обединен със „Септември“ (София) като отборът приема името ЦСКА „Септемврийско знаме“. Отборът става шампион, а в редиците на Армейците е привлечен Петър Жеков, който става Голмайстор на България и печели „Златна обувка“. В следващите 4 сезона ЦСКА си разменя по 2 титли с „Левски“, като в този период на европейско ниво отстраняват двукратния европейски шампион „Аякс“ с краен резултат 2:1 (0:1 и 2:0). В следващия мач армейците падат с 4:1 от Байерн, но на реванша побеждават с 2:1.

Сезон 1980 — 1981 г. е изключително успешен за ЦСКА. Във вътрешното първенство клубът печели титлата, а на европейско ниво бие 2 пъти с по 1:0 еврошампиона „Нотингам Форест“. Армейците биват спрени едва от бъдещия еврошампион „Ливърпул“ в четвъртфинала за КЕШ. През сезон 1981/82 ЦСКА достига до втори полуфинал в КЕШ, като по пътя си отстранява „Реал“ (Сосиедад), „Гленторан“, и „Ливърпул“ с общ резултат 2:1 от двете срещи (Стойчо Младенов вкарва и двата гола за ЦСКА в реванша) и на полуфинала среща „Байерн“ Мюнхен. В първия мач армейците повеждат с 3:0 до 18-тата минута, но крайният резултат е 4:3 в полза на ЦСКА. Във втория мач ЦСКА пада с 4:0. В първенството армейците сдават титлата едва през сезон 1983-1984.

През следващия сезон армейците отново не печелят титлата, а отборът е разформирован заради бой между футболистите на ЦСКА и „Левски-Спартак“ на финала за Купата. На 19 юни 1985 г. се играе финал за Купата на България на стадион „Васил Левски“ между ЦСКА и „Левски Спартак“. Мачът е съпътстван от много спорни съдийски отсъждания и грубости от страна на футболистите и на двата отбора. В крайна сметка ЦСКА печели с 2:1 като при резултат 2:0 Армейците изпускат дузпа. Последва решение на ЦК на БКП, с което и двата отбора се разформироват. От футболистите на ЦСКА тежко наказание получават Христо Стоичков, който е отстранен от спорта завинаги, и Костадин Янчев, който е наказан за 3 месеца. От отбора на Левски Спартак са изгонени завинаги Борислав Михайлов, Пламен Николов, Емил Спасов, Емил Велев. Впоследствие на мястото на старите отбори се създават нови: ЦСКА става „Средец“, а „Левски Спартак“ става „Витоша“. Година по-късно всички наказания са отменени и на наказаните футболисти е разрешено да продължат спортната си кариера. През 1987 г. към името на „Средец“ е добавено определението ЦФКА.

Като „Средец“ армейците завършват сезон 1985-86 на 4-то място. През 1987 г. към името на отбора е добавено определението ЦФКА. През следващите 3 сезона ЦФКА „Средец“ е безапелационен, вземайки и трите титли, като през сезон 1988/89 достига до полуфинал в Купата на носителите на купи, където отпада от Барселона на Йохан Кройф. През сезон 1989-1990 Армейците си възвръщат името ЦСКА и отново печелят титлата.

Следващите годините не са така успешни за ЦСКА. Клубът става жертва на различни вътрешни противоречия, непрестанни треньорски рокади и в крайна сметка от тогава до сега има спечелени четири шампионски титли и четири купи на България. Сред по-сериозните успехи на тима са победата над Ювентус с 3:2, която обаче бива отменена заради грешка при картотекирането на играчите и победата над Ливърпул на "Анфийлд" с 1:0. ЦСКА успява да надвие и немския Байер Леверкузен (с Димитър Бербатов), като на два пъти побеждава гранда с по 1:0. Отборът печели и 30-та си рекордна титла през 2004г. под ръководството на сръбския специалист Миодраг Йешич.

През декември 2006 Васил Божков продава акциите си в отбора на индийския бизнесмен и собственик на „Кремиковци“ Прамод Митал, а Александър Томов става президент на Управителния съвет на клуба. Александър Томов става президент и обещава, че ЦСКА ще се бори за шампионската титла. След два равни мача в началото на пролетния полусезон през 2007 г. обаче ЦСКА изостава с 6 точки след „Левски“. В резултат на това треньорът Пламен Марков е заменен със Стойчо Младенов, който се връща в ЦСКА след 3,5 години. В края на сезона ЦСКА завършва втори. Година по-късно армейците печелят предварително титлата 3 кръга преди края на първенството, което отборът завършва с 16 точки пред втория в класирането клуб – Левски.

От ръководството на ЦСКА организират пищни празненства по случай шестдесет годишнината на отбора. Изградена е алея на славата с имената на всички шампиони, избран е идеален футболен отбор от бивши и настоящи футболисти на ЦСКА. На 24 май се играе шоу мач между сегашния отбор и сборен отбор от български и чуждестранни звезди завършил 6:6.
На 21 май 2008 г. Лицензионната комисия към БФС отказва лиценз на отбора, а на 3 юни 2008 г. официално е оповестено, че е изваден от европейските клубни турнири.

На 6 март 2009 Димитър Борисов и Иво Иванов подписват договор за покупко-продажба на отбора с представителят на Прамод Митал Александър Томов. Официален собственик на отбора е фирма „Титан Спорт“ ЕАД, дъщерна на „Титан АС“. На 12 юни 2013 г. за треньор на отбора е назначен Христо Стоичков. Собствениците на ЦСКА Димитър Борисов и Иво Иванов водят преговори за продаване на отбора на Гриша Ганчев. На 22 юни 2013 г. официално е обявено че Борисов и Иванов напускат отбора, като опрощават вътрешните заеми на отбора към техни дружества и прехвърлят собствеността на отбора на треньора Христо Стоичков.

На 5 юли група бизнесмени, наречени „Червени шампиони“, с представител бившия изпълнителен директор на ЦСКА Александър Тодоров, започват разговори за придобиване на акциите на клуба. Сделката е завършена на 10 юли след няколкодневни преговори.
На 24-ти юни 2015 Гриша Ганчев обявява в интервю, че ще поеме издръжката на отбора, без да се създава ново дружество. Няколко дни по-късно Васил Божков се отказва от своя проект. За треньор на отбора е назначен бившият футболист на ЦСКА Христо Янев.

На 2 юни 2016 г. юридическото лице, представляващо ПФК Литекс (Ловеч), променя юридическата си структура от „Професионален футболен клуб Литекс – Ловеч“ АД на „Професионален футболен клуб ЦСКА – София“ ЕАД. На същия ден юридическото лице на ПФК Чавдар (Етрополе) – „ПФК Чавдар“ АД се преструктурира на „ПФК ЦСКА – 1948“ АД, като то е вписано като едноличен собственик на „ПФК ЦСКА – София“ ЕАД. Като собственици на „ПФК ЦСКА – 1948“ АД са вписани Христо Стоичков, Юлиян Инджов и Гриша Ганчев.

На 7 юни Българският футболен съюз обявява, че това юридическо лице е подало документи за участие в новосформираната Първа професионална футболна лига като ПФК ЦСКА (София). Старото дружество на отбора „ПФК ЦСКА“ АД преустановява дейност, а по-късно е и окончателно обявено в несъстоятелност на 9 септември 2016 г. На 29 юни Лицензионната комисия на Българският футболен съюз издава лиценз на новото дружество „ПФК ЦСКА – София“ ЕАД за сезон 2016/2017 в Първа професионална футболна лига.