Футболен клуб ЦСКА е основан на 5 май 1948г., когато се обединяват отборите на "Чавдар" и "Септември" (София) и в резултат на това се ражда: "Септември при ЦДВ". Същата година печели и първата си титла на България.

През 1950г. името на клуба е сменено на "Народна войска", като тимът за втора поредна година завършва втори, а през 1951г. се нарича ЦДНВ и отново триумфира с шампионската титла.

Следва поредното прекръстване на отбора, този път през 1953г. - "Отбор на софийския гарнизон", а по-голямата част от титулярните му футболисти са прехвърлени в един „национален отбор“, който се обиграва във вътрешното първенство за международните срещи.

През 1954 г. новото име на отбора е „Централен дом на народната армия“ (ЦДНА), а периодът 1954-1962 г. е най-успешният, през който армейският отбор печели 9 поредни титли.

През 1962 г. ЦДНА е обединен с ДСО „Червено знаме“ в ЦСКА „Червено знаме“. Централният дом на народната армия вече не е свързан с отбора, който бива поет от Министерство на народната отбрана.[5] ЦСКА остава на 3-о място след пловдивските „Спартак“ и „Ботев“.

През сезона 1966/67 г. ЦСКА достига до полуфинал на КЕШ, където след две равенства с „Интер“ с по 1:1 се играе трета среща (по тогавашния регламент), в която ЦСКА отстъпва с 1:0.

През 1968 г. ЦСКА отново е обединен със „Септември“ (София) като отборът приема името ЦСКА „Септемврийско знаме“. Отборът става шампион, а в редиците на Армейците е привлечен Петър Жеков, който става Голмайстор на България и печели „Златна обувка“.

В следващите 4 сезона ЦСКА си разменя по 2 титли с „Левски“, като в този период на европейско ниво отстраняват двукратния европейски шампион „Аякс“ с краен резултат 2:1 (0:1 и 2:0). В следващия мач армейците падат с 4:1 от Байерн, но на реванша побеждават с 2:1.

Сезон 1980 — 1981 г. е изключително успешен за ЦСКА. Във вътрешното първенство клубът печели титлата, а на европейско ниво бие 2 пъти с по 1:0 еврошампиона „Нотингам Форест“. Армейците биват спрени едва от бъдещия еврошампион „Ливърпул“ в четвъртфинала за КЕШ.

През сезон 1981/82 ЦСКА достига до втори полуфинал в КЕШ, като по пътя си отстранява „Реал“ (Сосиедад), „Гленторан“, и „Ливърпул“ с общ резултат 2:1 от двете срещи (Стойчо Младенов вкарва и двата гола за ЦСКА в реванша) и на полуфинала среща „Байерн“ Мюнхен. В първия мач армейците повеждат с 3:0 до 18-тата минута, но крайният резултат е 4:3 в полза на ЦСКА. Във втория мач ЦСКА пада с 4:0. В първенството армейците сдават титлата едва през сезон 1983-1984.

През следващия сезон армейците отново не печелят титлата, а отборът е разформирован заради бой между футболистите на ЦСКА и „Левски-Спартак“ на финала за Купата.[8]

На 19 юни 1985 г. се играе финал за Купата на България на стадион „Васил Левски“ между ЦСКА и „Левски Спартак“. Мачът е съпътстван от много спорни съдийски отсъждания и грубости от страна на футболистите и на двата отбора. В крайна сметка ЦСКА печели с 2:1 като при резултат 2:0 Армейците изпускат дузпа. Последва решение на ЦК на БКП, с което и двата отбора се разформироват. От футболистите на ЦСКА тежко наказание получават Христо Стоичков, който е отстранен от спорта завинаги, и Костадин Янчев, който е наказан за 3 месеца. От отбора на Левски Спартак са изгонени завинаги Борислав Михайлов, Пламен Николов, Емил Спасов, Емил Велев. Впоследствие на мястото на старите отбори се създават нови: ЦСКА става „Средец“, а „Левски Спартак“ става „Витоша“. Година по-късно всички наказания са отменени и на наказаните футболисти е разрешено да продължат спортната си кариера. През 1987 г. към името на „Средец“ е добавено определението ЦФКА.[8]

Като „Средец“ армейците завършват сезон 1985-86 на 4-то място. През 1987 г. към името на отбора е добавено определението ЦФКА.[8]

През следващите 3 сезона ЦФКА „Средец“ е безапелационен, вземайки и трите титли, като през сезон 1988/89 достига до полуфинал в Купата на носителите на купи, където отпада от Барселона на Йохан Кройф. През сезон 1989-1990 Армейците си възвръщат името ЦСКА и отново печелят титлата.

Следващите годините не са така успешни за ЦСКА. Клубът става жертва на различни вътрешни противоречия, непрестанни треньорски рокади и в крайна сметка от тогава до сега има спечелени четири шампионски титли и четири купи на България. Сред по-сериозните успехи на тима са победата над Ювентус с 3:2, която обаче бива отменена заради грешка при картотекирането на играчите и победата над Ливърпул на "Анфийлд" с 1:0. ЦСКА успява да надвие и немския Байер Леверкузен (с Димитър Бербатов), като на два пъти побеждава гранда с по 1:0. Отборът печели и 30-та си рекордна титла през 2004г. под ръководството на сръбския специалист Миодраг Йешич.

През декември 2006 Васил Божков продава акциите си в отбора на индийския бизнесмен и собственик на „Кремиковци“ Прамод Митал, а Александър Томов става президент на Управителния съвет на клуба.