През 1909г. български студенти от университета в Истанбул формират футболен клуб "13", наименуван така заради общия брой на членовете - тринадесет. В края на академичната година студентите се връщат в София и техният клуб се установява в столицата. Скоро след това е основан Спортист - Варна. Със Славия и Левски това са най-старите клубове в България.

На 24 май 1914г. Спортист се обединява със създаденото на 3 март 1913 г. дружество "Галата", преименувано по предложение на учителя Карел Шкорпил на старото име на река Камчия - "Тича". Новото дружество се преорганизира в ученическо спортно-туристическо дружество "Река Тича", а от 21 януари 1919 г. се нарича само "Тича". Черноморци зачитат за година на създаването на клуба си 1909 г. - годината на създаването на най-стария предшественик на Черно море - Спортист.

След 1945 година футболът в страната променя посоката на самостоятелно, зависещо единствено от волята на деятелите и състезателите си развитие. Въпреки това, чрез обединените клубове Тича и Владислав под името “ТВ-45”, а по-късно и ТВП, Ботев при ДНА, ВМС, СКНА, отново Ботев и Черно море, играта продължава да владее сърцата на привържениците и да откроява безспорни футболни дарования.

През 1949 г. Ботев е шести в класирането, а неговият нападател Недко Недев е голмайстор на страната с 12 точни попадения. На следващата година обаче комунистическата власт взема решение за поредна реорганизация на футбола по съветски модел.

Без нито един мач Ботев, който е под шапката на военните, е изпратен директно в третото ниво. Останалите армейски отбори са обединени в един – Отбор на народната войска (София), бъдещият ЦСКА. Всичко това е направено, тъй като на квалификационния турнир за попълване на новия формат на майсторската група ЦСКА остава на 6-о място и по право трябва да участва в „Б“ група.

Въпреки изхвърлянето си с две нива по-надолу клубът успява да запази най-добрите си играчи – Недев, Георги Радев, Илия Апостолов и капитанът Димитър Стефанов. Остава и треньорът Иван Моканов, който бързо връща отбора в „А“ група.

Две години по-късно, вече под името „ВМС“, моряците отново са при майсторите. Освен това Моканов успява да интегрира в първия състав няколко изключително талантливи млади играчи като вратаря Иван Дервентски и крилото Спас Киров. С тяхна помощ през 1953 г. ВМС завършва на 3-о място. Вместо с бронзови медали обаче футболистите са наградени с грамоти.

Сезон 1955 е един от най-странните и най-тъжните сезони за отбора. Той започва страхотно първенството и в първите 5 кръга побеждава пет от шестте софийски клуба – ЦСКА, Локомотив, Славия, Левски и Завод 12. В морската столица започват да говорят за титла и никой дори не предполага какво ще последва. В следващите 10 срещи варненци вземат само 1 точка и в крайна сметка изпадат.

В края на 50-те години в Черно море се сменят поколенията, а треньорът Моканов изгражда нов силен отбор, съставен предимно от собствени кадри, който оформя гръбнака на тима през следващите 15 години. В състава са интегрирани вратарят Иван Иванов, защитниците Димитър Боснов, Янко Атанасов, и Иван Василев, халфовете Стефан Янев и Абил Билялов. В средата на 60-те години в отбора влизат също Божил Колев, Кеворк Тахмисян, Здравко Митев и Стефан Богомилов.

По една или друга причина обаче, този състав така и не постига значими успехи. От 1960 г. до 1975 г. Черно море неизменно е част от „А“ група, като отборът винаги завършва в горната половина на таблицата. Голяма част от гостуванията на столичните отбори във Варна се превръщат в истински кошмар за тях. Въпреки това обаче тимът стига само до едно четвърто място през сезон 1968/69.

През сезон 1975/76 Черно море завършва на предпоследно място в първенството и изпада в „Б“ група. Там „моряците“ престояват една година преди отново да се завърнат при майсторите. Сред новите звезди са Тодор Марев, Тодор Атанасов и Рафи Рафиев. През сезон 1981/82 Черно море завършва на 4-о място и се класира за летния турнир „Интертото“. Представянето е повече от прилично. Във Варна са надиграни с по 2:0 белгийския Стандард и датския Видовре, а срещата с немския Леверкузен завършва 1:1. Като гост Черно море пада с 1:3 в Белгия и с 0:3 в Германия, а в Дания завършва 1:1.

В следващите четири сезона Черно море неизменно е в средата на таблицата, но през 1986 г. изпада във втория ешелон. Две години по-късно се завръща в „А“ група, но с идването на промените за „моряците“ настъпват трудни години.

90-те години безспорно са най-тежкият период в историята на Черно море. Сменят се редица президенти, но нито един от тях не може да се задържи трайно на управленския стол. Това са Георги Колев, Явор Недев, Антон Димитров, Валентин Рашев, Атанас Атанасов – Кеби, Пламен Тимев – Ганди, Тодор Михнев и Георги Георгиев. За цяло десетилетие „моряците“ участват в „А“ група само през сезон 1993/94. През останалото време се лутат във втория ешелон, а през 1998 г. дори са на прага да изпаднат във „В“ група.

Промените започват с поемане на президентския пост от Красен Кралев. Той преобразува клуба в акционерно дружество и с последващата помощ на Георги Илиев и Христо Асенов, успява да изведе тима от блатото. През 2000 г. Черно море завършва на 1-во място в „Б“ група и се завръща сред най-добрите български отбори.

През 2002 г. издръжката на „моряците“ е поета от крупния бизнесмен Илия Павлов. Той назначава за старши треньор на тима Велислав Вуцов и не жали средства тимът да се нареди сред водещите отбори.

Усилията дават резултати и през пролетта на сезон 2002/03 се нижат победа след победа. Черно море побеждава дори Литекс в Ловеч и бъдещия шампион ЦСКА в София. Целият проект за възраждането на клуба обаче рухва на 7 март 2003 г., когато Илия Павлов е застрелян.

След убийството му Черно море изпада във финансова криза и е на път да прекрати съществуването си. За втори път обаче на сцената излиза Красен Кралев, който временно закърпва положението и заедно с кмета на града Кирил Йорданов намират нови собственици в лицето на корпорацията “Химимпорт”, чиито две компании Армеец и Централна Кооперативна Банка станаха основни спонсори на ПФК Черно Море.

Новите собственици се целят в евротурнирите. Варненци са близо до това през 2006 г., когато под ръководството на Ясен Петров отборът достига финал за Купата на България. На Националния стадион тимът губи с 1:3 от ЦСКА.

Година по-късно Черно море за втори път в историята си се класира за „Интертото“. Ясен Петров e заменен на треньорския пост от своя асистент Никола Спасов. Впоследствие Спасов се превръща в най-успешния наставник на „моряците“ от 50 години насам.

Тимът завършва на 5-о място в класирането. Достига и нов финал за Купата на България. Той е загубен от Литекс с 0:1, но въпреки това отборът придобива правото за първи път в историята си да участва в Купата на УЕФА, тъй като лицензът на ЦСКА е отнет. Последва нов сезон и трето място, с което Черно изравнява най-доброто си постижение в „А“ група. Това означава ново участие в Купата на УЕФА, която вече се нарича Лига Европа.