1900 - 1934

Без никакво съмнение Байрен Мюнхен е най-успешният германски отбор, но колкото е обичан от феновете си, толкова е мразен от останалите привърженици на футбола в страната. Клубът е създаден през 1900 година от членове на гимнастически клуб в Мюнхен. Първоначално отборът играел мачовете си в местната регионална лига. Първият успех идва през 1926 година, когато отборът е шампион на Южна Германия. 2 години по-късно постижението е повторено. През 1932 Байерн за първи път се окичва с титлата, след като във финала побеждава Айнтрахт с 2:0. Идването на Адолф Хитлер на власт обаче спира развитието на клуба.

По това време треньорът и президентът са от еврейски произход и напълно логично двамата напускат страната спасявайки живота си. Много други от отбора са преследвани заради произхода си и дори Байерн си спечелва подигравателното названия - "Еврейски Клуб".

1934-1965

Заради проблемите с властта Байерн преживява много трудни дни по време и след втората световна война. Клубът все пак става част от Оберлигата, но през 1955 изпада от нея. Завръща се обаче много бързо още на следващия сезон и през 1957 за първи път печели купата на Германия след 1:0 във финала срещу Фортуна Дюселдорф.

Постепенно баварците се превръщат в един от най-добрите отбори в страната, но заради финансова нестабилност в края на 50-те години е на прага на фалита. Фабрикантът Роланд Ендлер обаче спасява закъсалия тим, като осигурява необходимите финансово средства и като награда за 4 години е президент. През 1963 година се създава Бундеслигата, след като двете Оберлиги се обединяват. Байерн обаче не е сред основателите, но печели промоция 2 години по-късно, след като завършва на първо място в Южната лига.

1965-1976

През първия си сезон в елита тимът приключва на 3-о място и печели купата на страната. Това сякаш загатва, какво предстои. По това време в отбора са млади таланти като Франц Бекенбауер, Герд Мюлер и Сеп Майер. През 1967 идва и първият европейски трофей - Байерн печели КНК след победа над Рейнджърс с 1:0 след продължения. Напълно нормално е тези успехи да доведат съвсем скоро и до триумф в шампионата.

Това се случва през 1969 година, когато Байерн за първи път печели титлата на Германия. По това време треньор на отбора е Бранко Жебец, който променя тактиката на състава и залага по-дефанзивна и дисциплинирана игра. Баварците триумфират и за купата, като стават първия тим печелил дубъл. Интересното е, че треньорът използва едва 13 футболисти, за да постигне тези успехи.

През 1970 година обаче той е заменен от Удо Латек, с когото следват и може би най-големите успехи в отбора. През 1972 година Байерн става шампион, като в решителния мач побеждава Шалке с 5:1. Това е двубой, с който е открит новия Олимпийски стадион в Мюнхен и първата футболна среща от Бундеслигата предавана по телевизията. Следват 3 години, в които отборът властва по терените в Германия и Европа. Върхът идва през 1974, когато Байерн печели КЕШ след 4:0 в преиграването срещу Атлетико М. Следват някои неуспехи на домашна сцена, но в Европа отборът няма спиране, като още два пъти през 1975 и 1976 изкачва европейския клубен връх. Този изключително успешен период завършва със спечелването на Междуконтиненталната купа.

1976-1992

Напълно нормално обаче е да последват не толкова добри години. До края на 70-те години баварците не печелят нищо, преди да станат шампиони през 1980 година. Отборът обаче е разтърсван от проблеми, като изпитва и финансови затруднение. Титлата е спечелена и през 1981, а през 1982 отборът играе финал за КЕШ, но губи от Астън Вила с 0:1. През 1983 година Удо Латек отново поема отбора, който е напуснал през 1975, за да преминавайки в Борусия Мьонхенгладбах. Следват нови успехи, но най-вече на домашна сцена. През 1987 идва нова загуба в турнира на шампионите, като този път тимът губи с дузпи от ПСВ Айндховен. След шампионската титла от 1990 година отборът изпада в криза и през 1992 завършва само на 5 точки от зоната на изпадащите.

1992-1998

Проблемите са преодоляни с назначаването на Франц Бекенбауер за треньор във втората част на сезон 1993-1994. Резултатът е титла на Германия след 4 годишно прекъсване. В последствие Кайзер Франц е назначев за президент, но неговите наследници на пейката не успяват да оправдаят очакванията. По това време футболисти на тима често се забъркват в скандали и се появяват в жълтите издания, което води до получаването на прякора ФК Холивуд. През 1996 отново с Бекенбауер Байерн печели купата на УЕФА, като по това време в състава е и Емил Костадинов.

1998-2007

Този период се свързва само с едно име и това е Отмар Хицфелд. Швейцарецът поема клуба през 1998 и в продължение на 6 сезона постига много сериозни успехи, превръщайки се в най-успешния треньор в клубната история. Върхът естествено е спечелването на Шампионската лига през 2001 година след 25-годишна пауза. Баварците побеждават във финала Валенсия с дузпи и така взимат реванш за нещастно изпуснатата купа през 1999, когато губят от Манчестър Юнайтед. При Хицфелд Байерн печели 4 титли, 2 купи на Германия и Междуконтиненталната купа. Неговият наследник Феликс Магат постига някои успехи на домашна сцена, но не и в Европа. Той обаче е уволнен през зимата на 2007 година и дори връщането на Хицфелд на кормилото не успява да помогне на състава, който не се класира за Шампионската лига, като завършва на 4-о място в първенството, а освен това не печели нито един трофей. През лятото на 2007 година обаче бяха похарчени почти 70 млн. евро за нови играчи, които се надяват да превърнат тима отново в машина за победи.

Легендарни играчи: Йозеф Пьотингер, Оскар Рор, Йозеф Бергмайер, Сеп Майер, Герд Мюлер, Франц Бекенбауер, Паул Брайтнер, Ули Хьонес, Георг Шварценбек, Карл-Хайнц Румениге, Клаус Аугенталер, Андреас Бреме, Жан-Мари Пфаф, Лотар Матеус, Щефат Ефенберг, Юрген Клинсман, Оливер Кан

: Йозеф Пьотингер, Оскар Рор, Йозеф Бергмайер, Сеп Майер, Герд Мюлер, Франц Бекенбауер, Паул Брайтнер, Ули Хьонес, Георг Шварценбек, Карл-Хайнц Румениге, Клаус Аугенталер, Андреас Бреме, Жан-Мари Пфаф, Лотар Матеус, Щефат Ефенберг, Юрген Клинсман, Оливер Кан